Definição de Ordens nas Cadeias Laterais de Proteínas para Cálculos Combinatórios de Estruturas Tridimensionais

As proteínas são as mais versáteis macromoléculas presentes em sistemas vivos e esempenham funções essenciais em todos os processos biológicos. O conhecimentosobre as funções desempenhadas por uma proteína está relacionado à determinação e sua estrutura molecular. Através da ressonância magnética nuclear (RMN) épossível se obter um conjunto de distâncias entre pares de átomos de uma molécula, que pode ser utilizado na obtenção de sua estrutura tridimensional, através da reso-lução de um problema conhecido como problema geométrico da distância molecular MDGP, de Molecular Distance Geometry Problem). Em geral, o MDGP é resolvidopor métodos de otimização global que fazem uma busca no espaço contínuo R3 . A fim de se formular uma abordagem discreta para o MDGP, que considere distânciasi ntervalares obtidas a partir de experimentos de RMN, e de descrever um algoritmo eficiente para resolvê-la, o Interval Discretizable MDGP (iDMDGP) e o algoritmo branch-and-prune intervalar (iBP) foram propostos recentemente. Em tal abordagem, algumas condições devem ser satisfeitas para a obtenção de um domínio de busca combinatório. Para satisfazer estas condições, uma ordenação para os átomos da cadeia principal de proteínas foi apresentada pelos mesmos autores. Neste contexto, tendo em vista que as cadeias laterais de proteínas são responsáveis por distinguir um aminoácido de outro, conferindo-lhes as suas propriedades químicas, no presente trabalho, o conceito de ordem é estendido para as cadeias laterais e são propostas algumas técnicas computacionais para sua implementação.