Redes Neurais Sem-Peso Aplicadas na Categorização de Subtipos do HIV-1
Autores
5094 |
Caio Ribeiro de Souza
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2288,131,2289
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2288,131,2289
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5096 |
Robson Mariano da Silva
(Co-orientador) |
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Informações:
Publicações do PESC
Título
Redes Neurais Sem-Peso Aplicadas na Categorização de Subtipos do HIV-1
Linha de pesquisa
Inteligência Artificial
Tipo de publicação
Dissertação de Mestrado
Número de registro
Data da defesa
30/6/2011
Resumo
Atualmente, uma das causas mais importantes da ocorrência de falha terapêutica em pacientes infectados com o HIV-1 e sob tratamento é o acúmulo de mutações genéticas de resistência aos antiretrovirais disponíveis. Estudos recentes mostram que a realização de testes genotípicos de resistência a esses medicamentos são muito importantes para o tratamento do HIV-1. Estes testes podem auxiliar na redução das falhas terapêuticas. Porém, a dificuldade na interpretação genética das mutações ainda é um fator limitante. O objetivo desta dissertação é desenvolver uma rede neural sem peso capaz de categorizar os diferentes subtipos do HIV-1 e também de identificar a existência de mutações de resistência a este tipo de droga. O conjunto de dados utilizado consiste de 1205 amostras da sequência genética da Protease do HIV-1, provenientes de pacientes de subtipos B, C e F sob falha terapêutica. Tais dados foram obtidos junto ao Laboratório de Virologia Molecular (UFRJ, Brasil). Diversos experimentos com diferentes configurações foram realizados, e os resultados encontrados mostraram que as redes sem peso possuem excelente desempenho para o reconhecimento dos subtipos.
Abstract
Nowadays, one of the most important causes of ARV therapy failure, in patients with HIV-1 and under treatment is the accumulation of resistance mutations to antiretroviral available drugs. Recent researches show that genotypic resistances testing of these drugs are very important to treatment of HIV-1. These tests can reduce the therapy failure. However the difficulty in interpreting genetic mutations is still a limiting factor. The aim of this dissertation is develop a WANN (Weightless Artificial Neural Network) that should be capable to categorize the different subtypes of HIV-1 and also to identify the existence of antiretroviral drugs resistance mutations. The data set used consists of 1205 gene sequence of the HIV-1 protease from patients with subtypes B, C and F under treatment failure. This data were obtained from the Laboratory of Molecular Virology (UFRJ/BRAZIL). Various experiments, with different configurations, have been done. The results showed WANN was culpable of properly recognizing subtypes.
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