Um Ambiente para Gerenciamento e Execução de Experimentos de Expressão Gênica com Microarranjos
Autores
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Informações:
Publicações do PESC
O entendimento das funções dos genes é fundamental para o desenvolvimento de novos diagnósticos e terapias baseadas em evidências genéticas. A técnica de microarranjos proporciona a análise de milhares de genes ao mesmo tempo, permitindo a comparação da expressão gênica de células em situações diversas (células saudáveis e tumorais, por exemplo).
Os experimentos com microarranjos são compostos por uma série de atividades em wet lab e computacionais (in silico). Apesar de existirem ferramentas computacionais e padrões para apoiar essas etapas, há uma carência de apoio na gerência do processo experimental, além da falta de padronização na anotação dos experimentos, tanto em relação ao formato quanto ao conteúdo. O objetivo desta dissertação é desenvolver um ambiente para apoiar os experimentos com rnicroarranjos no sentido de facilitar a composição de processos e dados, o registro de atividades e monitoração dos experimentos, apoiando-se no uso de workflows científicos e padrões como o MGED Ontology e Genomics Unified Schema. Espera-se assim melhorar o grau de integração entre etapas de um experimento e entre experimentos diversos, o que é de extrema importância para uma análise mais ampla das funções dos genes.
Understanding the gene functions is essential for developing new treatments and diagnosis based on genetics evidences. The microarray technique perrnits the simultaneous analysis of thousands of genes, allowing the comparison of cells' gene expression in distinct situations (e.g., healthy and cancerous cells).
Microarray experiments are composed by wet lab and computational (in silico) activities. Despite the existing tools and patterns which deal with these experiments, they lack a support for managing the experimental processes, and also a standard for annotation of experiments (format and content). This work aims at developing an environment for supporting microarray experiments to facilitate the composition of process and data, the registry of activities and the monitoring of experiments, based on scientific workflows and standards such as MGED Ontology and Genome Unified Schema. We expect to improve the integration leve1 among the phases of one experiment and between distinct experiments, which is extremely important for a wider analysis of gene functions.