Rearranjos de Genomas: Teoria e Aplicações
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Publicações do PESC
Este trabalho apresenta aspectos teóricos e práticos do problema de rearranjo de genomas, em particular para rearranjos de transposições. Na parte teórica, são demonstrados alguns resultados conhecidos baseados no diagrama de realidade e desejo (também denominado "grafo de pontos de quebra"(, porém com provas mais rigorosas do que as encontradas em trabalhos anteriores de outros autores; também é abordado o problema de ordenação por transposições como um problema de teoria dos grafos, abordagem muito pouco utilizada na literatura, e para a qual são demonstrados alguns resultados novos sobre a estrutura do grafo tórico para o conjunto das permutações de n elementos, onde n + 1 é primo. Na parte prática, é descrito um método para a comparação entre os genomas humano e do chimpanzé, onde pela primeira vez são consideradas transposições. Com esse método, foram encontradas 542 reversões e 255 transposições.
This work presents theoretial and pratical aspects of the genome rearrangement problem, in particular for rearrangements by transpositions. Regarding the theory, some known results based on the reality and desire diagram (also denominated as "breakpoint graph") are shown, but with more scrupulous proofs than those found in previous papers by other authors; an oft-overlooked graph-theoretical approach to the problem of sorting by transpositions is also used, for which some new results are found on the structure of the toric graph for the set of permutations of n elements, where n + 1 is prime. On the practical side, a method to compare the human and chimpanzee genomes is described, where for the rst time transpositions have been taken into consideration. By using this method, 542 reversals and 255 transpositions have been found.